Wie in den Verträgen vereinbart, ernennt das Internationale Komitee vom Roten Kreuz (IKRK) einen schweizerischen Staatsangehörigen als Direktor, der nach den Weisungen des IKRK handelt. Jean-Luc Blondel ist seit Januar 2009 Direktor des ITS.
Der Internationale Ausschuss führt seit 1955 die Aufsicht über die Arbeiten, die vom ITS erledigt werden. Der Ausschuss setzt sich zusammen aus Regierungsvertretern von elf Mitgliedsstaaten. Er hat die Aufgabe, im Einvernehmen mit dem IKRK die Richtlinien für die Tätigkeit des ITS zu erstellen.